I batteri anaerobi sono microrganismi procarioti che prosperano in assenza di ossigeno molecolare, dividendosi in anaerobi obbligati (sensibili all’O2) e facoltativi (tolleranti). Si sono evoluti tra i primi batteri sulla Terra primordiale (circa 3,5-4 miliardi di anni fa), quando l’atmosfera era ridotta di ossigeno, sviluppando fermentazione e respirazione anaerobica per estrarre energia da zuccheri o composti organici.
Originati in ambienti anossici come fondali oceanici o sedimenti, precedettero gli aerobi durante l’Archeano; la Grande Ossidazione (2,4 miliardi di anni fa) li confinò in nicchie ipossiche, ma alcuni si adattarono attraverso processi simbiotici. Fermentano in materia organica in suoli compatti, producendo metano (metanogeni), acidi grassi o idrogeno, riciclando carbonio e azoto. Negli animali ruminanti o nell’intestino umano, digeriscono la cellulosa producendo vitamine (es. E. coli facoltativa). Possono essere patogeni per l’uomo, causando ad esempio botulino, tetano, cancrena.
Nel contesto agricolo i batteri anaerobi anaerobi, nei terreni dissodati decompongono sostanze organiche, mineralizzando nutrienti ma producendo odori o metano. Se sono presenti in eccessi riducono i benefici dei batteri aerobi, aerobi impoverendo la fertilità del terreno.

